有關護礁聯盟認為政府誤解其台北港方案上岸段的破壞面積，台灣中油指出，護礁聯盟捨棄科學實證對話、為反而反，批評三接時說27公里都是藻礁，講到台北港方案又說有避開藻礁處可以讓管線上岸，這種藻礁都可以伸縮自如的環保雙重標準，實在令人無奈。

台灣中油指出，計算海管影響藻礁的面積，是依據中油調查海底礁石分布範圍至離岸1.2~1.7公里，及過去中油對海管的施工經驗推估所致，台灣中油不解，若護礁聯盟連棧橋橋墩0.4公頃的水下礁石影響面積都不接受，不允許讓影響最小的棧橋有立足之地，為何可以雙重標準，自己提出破壞藻礁更大的方案？

至於張譽尹律師，在臉書上引用2007年中油鋪設通霄到大潭的海管，經過觀新藻礁區，當時中油評估海管影響觀新藻礁的面積是0.06公頃，就認為現在台北港方案海管影響藻礁的面積應該差不多，台灣中油提醒，13年前各界對於藻礁的認識，不若今日對於藻礁分布範圍的調查詳盡，0.06公頃是當年對於藻礁分布範圍僅離岸150公尺計算，如今中油調查海底礁石分布範圍至離岸1.2到1.7公里左右，但這個結論提案方始終不願承認，甚至仍然認為藻礁分布至外海5公里，如果依照護礁盟藻礁所宣稱的分布5公里計算，則海管方案破壞藻礁面積公頃，破壞程度只有更多不會更少。

依據中油的經驗，海管鋪依離岸遠近的程度，各有不同工法，海管影響藻礁面積，並不能只算海管管口的直徑，還必需要打足夠寬度與深度的溝槽，才能放置相關機具來進行作業，所需作業寬度至少一、二十公尺，就算潮間帶為減低對藻礁的影響，以打鋼板方式來作業，深度至少也要4~5公尺，離岸較遠則管溝深度更深，台灣中油高度懷疑，提案方是否對於所經路線的地質狀況有足夠的了解，並且對於工法有足夠的認識，還是只是在紙上畫一條線，就決定海管的鋪設路徑？台灣中油表示，與橋墩方案相較，海管方案反而將會挖除很多藻礁。

台灣中油還是要呼籲，三接沒有蓋在藻礁上，潮間帶的藻礁都已經保留，實在不應讓減煤、減碳的時程延宕，致使國人對減空污的期待落空。