有關媒體誤解，稱經濟部坦承三接興建傷到藻礁一事，經濟部鄭重澄清，三接沒有蓋在藻礁上，今日前往考察的委員及媒體朋友都可親眼所見。至於所謂損傷的部分，是因為所有管線都要上岸接給大潭電廠，中油以棧橋方式施工，是所有方案中最小影響，僅影響0.4公頃的水下礁石，佔總面積的萬分之四。若以公投正方的台北港海管方案為例，上岸處的施工必須在岸邊開挖，影響範圍估計超過6公頃，將是現行方案影響程度的15倍。

經濟部指出，相關媒體以「坦承」下標也顯然有誤，無論是在棧橋環評，甚至是各次的考察或對外說明中，經濟部都充分揭露對水下礁石有0.4公頃的影響。經濟部與中油從未強調百分之百完全沒有影響，但現行工法是將影響降到最低的做法。同時，在環評要求下，經濟部與中油也針對棧橋打樁施工處充分調查有無柴山多杯孔珊瑚的存在，結果證實沒有影響到柴山多杯孔珊瑚。

經濟部強調，三接沒有蓋在藻礁上，岸邊的潮間帶藻礁G1、G2區都已經保留，無論是空拍影片、或是現場考察，都可以眼見為憑。接收站為了避免影響岸邊設在外海，就一定要有管線拉上岸，才能把接收的氣送到電廠。現在用棧橋方式只需設橋墩，已是最小影響，對水下礁石只有0.4公頃的影響，占總面積的萬分之四。以公投方提的台北港為例，上岸段施工還要開挖，以管線的大小及工法估計，影響面積會超過6公頃，是現行方案影響的15倍，反而影響更大。

經濟部表示，台灣中油推動的三接工程，一定與大潭海域的生態共生共榮。柴山多杯孔珊瑚也由過去發現75群，現在發現了100群。同時中油公司接手時，大潭海岸每年在東北季風時，就是大量的垃圾積在岸邊。現在中油努力淨灘，包括在地的大潭里里長都明確表示，「中油及政府對淨灘相當負責，現在水質也變得比較乾淨，在地民眾都能感覺到。」顯示中油施工後，負責任讓在地環境更好。