針對藻礁公投聯盟一再指稱蔡總統是「局外人」，又將蔡總統與青年學子對談時，現場即時澄清、媒體也都有記載的口誤大做文章。經濟部曾文生次長無奈表示，這已不是藻礁盟第一次這樣做，該聯盟慣性斷章取義，無視於公部門多次澄清說明，再聲稱雙方不做溝通。其實蔡英文總統不是局外人，反而藻礁盟才屢屢斷章取義曲解人。

曾文生指出，蔡總統參加今周刊主辦的「與高中生面對面論壇」，談及數字時口誤，現場立刻更正為：「我剛才在講三接的時候，這個外推方案，我們要講的比較精確一點是把工業港再外推455公尺，現在離岸1.2公里，這個要做一個更正。」相關說明皆有直播紀錄。但藻礁盟卻謊稱其發言是「當場遭指正」，這是刻意曲解，相當惡意。

不僅如此，藻礁公投聯盟還在聲明中，以環差報告中提及水深超過18米鑽探資料仍有藻礁一事，指涉經濟部與中油對於礁石分布僅止於水深18米的結論自相矛盾，曾文生說，這又是再一次公然表演什麼是「斷章取義」。

文獻回顧、逼近真實、堆積碎塊，調查過程全被斷章取義為結論

中油則說明，環差報告中，已清楚載明，在水深18米後所發現的礁石，經地質專家研判，那不是原地生長的礁體，是水流搬運再堆積的「碎塊」，與潮間帶的「原生藻礁」完全不同，中油負責任地公開所有調查資料，並以科學實證的態度分析所有鑽探岩芯，每次卻都被公投提案方斷章取義地擷取片面資訊，拿出來誤導民眾。

中油無奈表示，這種斷章取義的行為，已經發生過很多次，日前公投發起方的律師，還公然在環差會議上，把中油環差報告中一段描述經濟部工業局92年調查所得的「文獻回顧」，與地質學者在探究海底礁石分布範圍「逼近真實」的過程，也就是把「描述過程」拿來誤導為「結論」，意欲製造與調查結論互相矛盾的假象。

提案方糟蹋專家團隊的科學調查結果，應適可而止

曾文生呼籲，藻礁公投聯盟應該要適可而止，不要再糟蹋許多專家學者耗費無數心力反覆論證的科學調查的結果，三接一退再退，再外推方案已完整保留了潮間帶有豐富生態的大潭藻礁，已將影響降至最低，但經濟部從來也不敢說影響為零，但依照科學調查的結果，確實證明影響極低，相比之下，提案方從「水面下五公里都是藻礁」，到水面下「未必是藻礁」，還要把海底的泥沙生態與藻礁生態混為一談，不斷擴大保護標的，再這樣下去，接收站無論蓋在何處，都無法滿足藻礁盟的要求。